L'histoire de la Schola Cantorum est tout d'abord l'histoire d'une volonté, celle d'un seul homme : Charles BORDES (1863-1909). Il jette dès 1890 les bases de son entreprise. En 1894, il réunit quelques amis bienfaiteurs et actionnaires et crée une société qui prend le nom de "Schola Cantorum". Parmi les premiers collaborateurs dont s'entoure Bordes figurent deux grands musiciens dont la renommée viendra cautionner son projet : Alexandre GUILMANT (1837-1911) et Vincent d'INDY (1851-1931).
L'école ouvre officiellement ses portes le 15 octobre 1896 rue Stanislas dans le quartier Montparnasse, avant de s'installer définitivement en 1900 au Quartier Latin, au 269 rue Saint Jacques, dans l'ancien couvent des Bénédictins Anglais.

C'est en 1640 que des moines bénédictins anglais, fuyant le schisme en Angleterre, se réfugient en France et s'installent à Paris entre les Feuillantines et le Val de Grâce sur l'actuel emplacement de la Schola Cantorum, bénéficiant de la protection de Richelieu et d'Anne d'Autriche. La première pierre des bâtiments actuels, construits grâce à la générosité de Louis XIV, fut posée le 29 mai 1674 par Marie-Louise d'Orléans. L'église (actuelle salle de concert de l'école) fut achevée en 1677 et placée sous le vocable de Saint Edmond, roi et martyr. Cette maison et son église ont tenu une place à part dans l'histoire de la diplomatie française et demeurent à Paris comme l'un des témoignages du mélancolique destin des Stuarts.
Le roi Jacques II, contraint de demander asile à la France, y résida. A sa mort en 1701, Louis XIV demanda que son corps repose au couvent des Bénédictins Anglais. Sa dépouille fut déposée dans une chapelle attenante à l'Eglise (actuelle salle Jacques II) en attendant des jours meilleurs pour son inhumation à Westminster. Plus tard, ses enfants reposèrent en ce même lieu à ses côtés ainsi que bon nombre de membres de la famille Fitz-James. Très vite une rumeur s'éleva : on dit que "Dieu a daigné opérer des cures merveilleuses auprès du tombeau de Jacques II". L'endroit devint une cour des miracles et un but de pélerinage.
Pendant tout le XVIIIème siècle, le couvent fut le rendez-vous et le refuge des Jacobins, des Stuarts, et des aristocrates anglais qui, spoliés et traqués, émigraient en masse. Puis survint la Révolution Française. Le couvent et les bâtiments furent confisqués et servirent de maisons de détention sous la terreur. Les tombeaux furent profanés et pillés et nul ne sait ce qu'il est advenu du corps de Jacques II. Sous le consulat, l'abbaye fut restituée aux "évêques catholiques de la nation anglaise". Depuis ce temps il est resté leur propriété mais "bien de main morte" étranger, l'immeuble est placé sous la tutelle de l'État Français. De 1804 à 1900, les lieux furent transformés et loués à une manufacture de coton, à l 'école polytechnique, à une école de marine, à diverses institutions religieuses, avant de trouver à l'aube du XXème siècle sa vocation d'école de musique.

En 1900 Vincent d’Indy assure, jusqu’à sa mort en 1931, la direction de l’école. Depuis cette date, l’école tient un rôle de premier plan et est profondément ancrée dans la vie musicale parisienne, française et internationale, ayant conquis ses lettres de noblesse tout au long du XXème siècle. Des milliers d’étudiants y ont été formés et des maîtres au prestige exceptionnel ont illustré son histoire. Parmi ceux-ci : Isaac Albeniz, Léon Barzin, Charles Bordes, Joseph Canteloube, Gaby Casadesus, Sergiu Célibidache, Jacques Chailley, Maurice Duruflé, Jean-Jacques Grunenwald, Alexandre Guilmant, Vincent d’Indy, Alexandre Lagoya, Wanda Landowska, Jean Langlais, Daniel Lesur, Roland Manuel, Olivier Messiaen, Darius Milhaud, Maurice Ohana, Ida Presti, Albert Roussel, Eric Satie, Déodat de Séverac, Paul Tortelier, Joaquim Turina, Edgar Varèse, Louis Vierne, Karin Waehner…

Véritable « conservatoire libre », libre parce que l'expression personnelle et la créativité de chacun y sont respectées, la Schola Cantorum dispense, aux étudiants du monde entier, un enseignement qui s’adresse à un public très large, aux âges mêlés, aux ambitions diverses et adapté à tous les niveaux du débutant au concertiste. La finalité peut être selon les cas, le professionnalisme, ou le plaisir de l'approche active et l'art pour l'art. La Schola répond à cette double attente. Son prestige forgé à travers le temps est une référence pour tous les professionnels. L’ouverture et la souplesse de son enseignement permet aussi de s’adresser aux amateurs sérieux, motivés et éclairés. L'art dans cette institution est considéré comme un élément formateur de la personnalité. Il n'est pas accepté d'esprit de compétition qu'introduit trop souvent la notion de «concours». «On ne fait pas de la musique contre quelqu’un». L’école prépare néanmoins à des examens qui classent les niveaux acquis par rapport à des normes, mais non les individus entre eux. Les diplômes délivrés, sous sa seule autorité, ont une valeur reconnue internationalement.

La Schola Cantorum, à l’aube du XXIème siècle, continue à imprimer sa marque et marquer sa différence. Mêlant l’attachement aux traditions à l’attrait pour la nouveauté, elle a le souci d’élargir son champ d’action et de tenir compte de tous les apports de la modernité et des besoins et tendances d’un art toujours en mouvement, ouvrant régulièrement de nouveaux cours, créant de nouvelles disciplines. L’école compte actuellement près de 1000 élèves. 50 disciplines sont enseignées par une centaine de professeurs. Toujours sur «la brèche», l’école tient à maintenir un esprit d’entreprise et une culture d’entreprise, en continuant à s’adapter et à préserver son indépendance. Son histoire le lui a toujours commandé, son statut d’entreprise privée et libre l’y oblige, la souplesse de son fonctionnement administratif, de même que la qualité et le dévouement de ses pédagogues, le lui permettent.